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來源:期刊VIP網(wǎng)所屬分類:綜合論文時(shí)間:瀏覽:次
摘要:本文對(duì)重癥監(jiān)護(hù)醫(yī)學(xué)信息集市Ⅲ(MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫)的數(shù)據(jù)構(gòu)成和特征內(nèi)容進(jìn)行分析,梳理了研究者基于該數(shù)據(jù)庫的研究主題分布、代碼知識(shí)庫的共享模式及腳本內(nèi)容、隱私數(shù)據(jù)的處理和多層保護(hù)機(jī)制,認(rèn)為MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫的技術(shù)和管理模式適用于類似醫(yī)療信息的處理,如注重隱私的處理、對(duì)于主索引的確立及各類代碼的統(tǒng)一、促進(jìn)源代碼的共享等,對(duì)構(gòu)建共享中醫(yī)數(shù)據(jù)集具有參考意義。
關(guān)鍵詞:MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫;代碼共享;中醫(yī)數(shù)據(jù)集
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隨著醫(yī)院信息系統(tǒng)的不斷完善,醫(yī)療數(shù)據(jù)的獲取和再利用的效率成為醫(yī)療健康大數(shù)據(jù)的焦點(diǎn),醫(yī)生和科研人員通過對(duì)這些信息的檢索整合,可以獲得科研成果或者用于臨床決策支持。中醫(yī)科室基于實(shí)際業(yè)務(wù)建立了大量的專科數(shù)據(jù)集,數(shù)據(jù)集的質(zhì)量直接影響到數(shù)據(jù)的使用效果。本文旨在通過對(duì)國際通用度較高的醫(yī)學(xué)信息數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)特征及運(yùn)行模式進(jìn)行研究,為構(gòu)建中醫(yī)數(shù)據(jù)集提供參考,使其能更好地、有針對(duì)性地支持臨床數(shù)據(jù)挖掘及臨床決策。
1 MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫概況
2003年,美國貝斯以色列女執(zhí)事醫(yī)療中心(Beth Israel Deaconess Medical Center,以下簡稱“醫(yī)療中心”)、麻省理工(MIT)、麻省總醫(yī)院(MGH)和英國牛津大學(xué)的急診科醫(yī)生、重癥科醫(yī)生、計(jì)算機(jī)科學(xué)專家等共同建立了一個(gè)數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫在建立之初的名字為Multiparameter Intelligent Monitoring in Intensive Care Ⅱ,簡寫為MIMICⅡ。2016年9月,MIMICⅡ數(shù)據(jù)庫升級(jí)為MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫,并改名為Medical Information Mart for Intensive Care,直譯為重癥監(jiān)護(hù)醫(yī)學(xué)信息集市,簡寫仍然是MIMIC。
目前MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫最新的版本是1.4(V1.4),包含了2001年6月-2012年10月在醫(yī)療中心住院的38 645名成年個(gè)體(非新生兒)和 7 875名新生兒(出生至28天)的58 000余次住院臨床診療信息。這些資料被整理成了26張CSV格式(以純文本的形式存儲(chǔ)表格數(shù)據(jù),包括數(shù)字和文本)的表格供研究者查詢[1],為流行病學(xué)的分析性研究、臨床決策的發(fā)展及醫(yī)學(xué)電子設(shè)備的研發(fā)提供了更多樣的方法和思路[2]。
2 MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫內(nèi)容
2.1 MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫的表結(jié)構(gòu)
MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫有26張表格,其中5張為輔助字典表(包括醫(yī)療項(xiàng)目、診斷、手術(shù)操作、指標(biāo)項(xiàng)目、實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目對(duì)應(yīng)代碼),余下21張都是患者住院期間的各項(xiàng)臨床數(shù)據(jù),其中檢驗(yàn)記錄表(Chartevents)是內(nèi)存最大的一張表格,達(dá)到30多個(gè)G,由于數(shù)據(jù)量過大,這一張表在導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫時(shí)被拆分為18張。在研究中,較為常用的MIMICⅢ數(shù)據(jù)庫的信息主要有以下幾類。
2.1.1 基本信息 患者的人口統(tǒng)計(jì)學(xué)資料(如性別、種族、婚姻狀況等),以及出入院、病區(qū)轉(zhuǎn)換等基本信息。年齡沒有直接記載,但可以通過出生日期和入院日期之差計(jì)算得出。這些基本信息可用于研究初期,在樣本中篩選出類似性質(zhì)的患者供下一步分析。
2.1.2 診斷及手術(shù)信息 使用國際疾病分類(International Classification of Diseases, ICD)中ICD_9標(biāo)準(zhǔn)編碼,記錄患者診斷、診斷分組、手術(shù)操作記錄信息。表1是根據(jù)信息中的第一診斷配合患者年齡分組得出的一個(gè)簡單示例。
2.1.3 實(shí)時(shí)記錄的生理指標(biāo) 例如,信息數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)化存儲(chǔ)可以實(shí)時(shí)記錄心率、動(dòng)脈血壓、肺動(dòng)脈壓及體液出入量平衡等情況。